赛默飞OrbitrapEclipse三合一高分辨质谱仪从根本上提高了定量蛋白质组分析的灵敏度、速度和准确性，以及全面定义蛋白质形式和蛋白质复合物的能力。HMRn(高质量范围MSn)、PTCR(质子转移电荷减少)和RTS(实时搜索)的加入是专门设计的功能，提高了质谱识别重要生物分子的能力，并在结构上以*的详细程度对它们进行研究。在保持OrbitrapFusionLumos三合一质谱性能的基础上
赛默飞OrbitrapEclipse三合一高分辨质谱仪提升了如下主要性能：
(1)HMRn(HighMassRangeMSn，高质量范围MSn)：MSn多级质谱的分子量范围可达到8,000Da，包括扩展Orbitrap的m/z至8,000和LTQ分离母离子m/z至8,000，并具有MSn(n=1~10)能力。比如使用HMRn做NativeOmics，可以用多级质谱鉴定膜蛋白的配体，更好理解蛋白的相互作用。
(2)PTCR(ProtonTransferChargeReduction，质子转移电荷减少)离子源：全氟菲烷(PFPP)离子，用于随后双级线性离子阱中的气相离子反应，利用质子转移减少母离子或子离子的多电荷态，使多电荷谱图的质量提高、Top-down组学的解析更容易，可以更好地揭示蛋白隐藏的特征。
(3)RTS(Real-timesearch实时搜索)算法软件：提供了强大的数据库功能，当已鉴定的蛋白和初始数据库匹配*就标记为不再进行MS3，因此可有效缩短时间，提升1倍通量。在选择已确定的母离子进行SPSMS3定量时，可提高定量准确性和TMT实验的蛋白质组覆盖率。
(4)双曲面QR5分段四极杆：增长为25cm，并扩大直径，提升离子传输效率，并可有限选择分离0.4Da的母离子。
(5)具有50万分辨率，扩展选项后可达到100万分辨率。
