基质效应可对方法的定量限（LOQ）、检出限（LOD）、线性、准确度和精密度产生严重的影响。基质是样品中被测物以外的组分，常对被测物分析有显著的干扰，并影响测定结果的准确性，这些干扰和影响被称为基质效应。基质效应表现为离子抑制或离子增强。
液相色谱--串联质谱中的基质效应产生的原因一般认为是由于基质中的非挥发性组分与待测物质，在雾滴表面离子化的过程中产生竞争，影响电喷雾接口处的离子化效率。这些非挥发性的基质组分将雾滴吸引在一起，阻止其裂解成更小的微滴。
根据接口处离子化和离子蒸发过程中的变化情况，这种竞争可能会增强（离子增强）或者妨碍（离子抑制）被分析物离子的形成效能与进入电喷雾离子源的基质密切相关。也有人认为基质效应是由于待测组分与基质中内源性物质共洗脱而引起的色谱柱超载所致。
产生基质效应的干扰物质分为两类。
一类叫做“内源性物质”：它源自于被分析物本身，并保留在最终提取液中的物质，包括盐、强极性化合物、表面活性剂以及与目标化合物结构类似的脂类、胺类、肽类。
因此，在方法建立过程中，全面了解基质效应的消除方法至关重要。消除基质效应的方法有：
（1）选择合适的样品前处理方法
（2）选择合适的色谱分离条件
（3）优化质谱分析条件
（4）使用合适的内标
（5）采用基质标准溶液校正
1、选择合适的前处理方法
样品溶液上机前提取、净化的程度，决定了样品溶液中基质成分以及残留数量的不同，从而导致不同程度的基质效应。因此，样品前处理方法的选择直接影响基质效应的强度。
传统的消除基质效应的前处理方法有：蛋白质沉淀、液液萃取、固相萃取、样品稀释等
对蛋白质沉淀、液液萃取、固相萃取等几种常规的处理方法进行了比较。结果显示，蛋白质沉淀方法的效果最差；其次是反向固相萃取和离子交换固相萃取；效果最好的是兼具反相和离子交换机理的混合性固定相萃取柱；液液萃取也可以达到较好的净化效果，但是对于进行化合物的回收率较低。在使用了混合型离子交换色谱柱，使液相色谱--串联质谱方法检测人体血液中的美沙特罗残留量的基质效应降到最低。
2、选择合适的色谱分离条件
由于LC-MS/MS分析中的基质效应是由被分析物的共流出组分影响电喷雾接口的离子化效率所致。因此，合理的色谱分离条件，使目标物与干扰物分离，即可有效改善基质效应的影响。流动相的PH值可改变目标物与杂质的保留行为，且不同的PH值可改变离子源的电离行为，因此合理调节流动相的PH值可改善基质效应的影响，提高灵敏度。同时，延长梯度时间，使目标物与杂质有效分离，可改善基质效应的影响。
3、优化质谱分析条件
实验表明，多数化合物基质效应对ESI影响显著，而对于APCI、APPI的影响很小或者没有影响。因此在仪器条件允许的情况下，合理选择离子源，是简单有效地消除基质效应的方法。
4、使用合适的内标
同位素内标是消除基质效应首选的内标物，同位素内标与目标物具有相同的化学性质和相同的保留时间，因此可以抵消质谱离子化过程中的基质效应，同时消除前处理过程中的差异。但是，一些同位素内标难以合成或价格昂贵，使同位素的应用受到一定的限制。使用类似物作为内标，在合理的试验条件下，亦得到了满意的效果。
5、采用基质标准溶液校正
基质标准溶液，即将空白样品经前处理后，加入一定量待测物标准，用以对检测结果进行校正。采用基质标准溶液校正，是最常用的补偿基质效应的方法。
综上所述，在具体的液相色谱-串联质谱方法开发过程中，首先要根据目标化合物的性质、基质类型、检出限要求等对前处理方法进行优化，比较多种前处理方法的净化效果，兼顾基质效应和回收率，尽可能多的消除可引起基质效应的内源性物质。
其次，选择合适的离子源并对色谱条件进行优化，以得到最优的分离效果，避免共流出物的影响。选择合适的内标物，采用基质标准溶液校正是对产生的基质效应的补偿，以抵消基质效应的影响，是在前处理以及仪器条件无法消除基质效应的情况下的补偿措施，以保证检测结果的准确性。
