做完转录组后，我们会获得很多基因的转录本序列，如何分析这些转录本序列的开放阅读框（ORF），然后找到对应的蛋白呢？今天就为大家介绍一下使用频率最高的软件，NCBI的ORFFinder，以及另一款可以进行批量分析的软件getORF。
1.ORFFinderORFFinder是NCBI开发的一个在线分析转录本序列ORF的工具，与NCBI整合地很好。在百度里面搜索即可得到：
最终得到的ORF序列以图形的形式展现，可以很直观地比较ORF的位置和长度，如下：
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点评NCBI的ORFFinder简单易用，结果的展现形式也很直观，还能直接对得到的氨基酸序列进行blastp分析，以验证ORF的可靠性。但缺点是不能进行批量处理，只能一个一个转录本序列进行分析，这对于手上握有大量数据的同学，就有点慢了，下面介绍一款可以批量进行ORF预测的软件。
2.getORFgetORF也是一款经典的用于分析转录本序列ORF的软件，属于EMBOSS软件包。百度搜索一下getORF，会出现多个条目，是不同的科研单位搭建的在线运行getORF的平台，都可以用，小编在这里推荐一个速度比较快的平台，界面如下：
getORF与ORFFinder最大的不同就是可以上传fasta格式存储的序列（不知道什么是fasta格式的同学请自行百度），这样就可以一次上传很多条转录本序列，批量进行处理。其它的设置与ORFFinder相同，可以设置ORF长度最大和最小的限制，也可以选择是否以ATG开头（TranslationofregionsbetweenSTARTandSTOPcodons），默认是不以ATG开头（TranslationofregionsbetweenSTOPcodons）。
在高级设置里面还可以有多种设置，默认即可。输出的格式也可以有多种选择，还可以填写自己的email地址，会发送结果文件的链接到邮箱。最终的输出结果如下图，同一个转录本的不同ORF用后缀的数字表示（_1，_2…）。输出结果可以进行复制保存，然后提交到blastp进行分析。
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点评getORF最大的优势是可以进行批量处理，预测得到的ORF也很多，但界面的呈现不如ORFFinder直观。
